1С в терминальном режиме или в серверном?
Настройки не сохраняются у одного пользователя или у любого?
Если попробовать с другой машины - сохраняются настройки или нет?
ЗЫ Копать однозначно нужно 1С, а не Кл-Банк. Я как бывший Сбербанковец и текущий 1С-овец говорю.